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細菌可以保存為化石。細菌科學家曾在35億年前的可保古老地層中發現了類似藍細菌的化石。藍細菌比大部分細菌都大,化石能夠分泌一層薄薄的細菌加拿大預測網址細胞壁。藍細菌能夠形成大的可保層狀結構,這種結構被稱為疊層石。化石加拿大預測28網站如果將這種疊層石磨成薄薄的細菌片,在其中可能發現保存精細的可保藍細菌和藻類化石。

除了藍細菌以外,化石化石細菌的細菌數量并不多。在特定的可保化學條件下,細菌細胞被無機鹽取代后,化石形成活細胞的細菌加拿大預測28在線預測復制品或者假晶。一些細菌能夠分泌鐵質的可保外鞘,有時也能形成化石。化石有些細菌可以鉆入動物的外殼或巖石中,在殼內或巖石中形成微小的管道,因此可以通過分析不同時期動物外殼化石的這些管道間接認識它們。

另外,琥珀中通常能保存大量精美的細菌,有些細菌甚至經過億萬年之后還能存活。在20億年前的古老巖石中可分辨出該細菌產生的磁鐵礦晶體,其大小為幾個微米,這可能是最小的化石了。
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